A Magyar Genomika és Bioinformatika Központ szoros együttműködésben a Kromat Kft.-vel egy innovatív génexpressziós vizsgálati megoldást dolgozott ki.
Az mRNS szekvenálás széleskörű vizsgálati lehetőségeket biztosít a génexpressziós tanulmányokban. A megoldás fő innovatív jellege, hogy az mRNS 3’ végének szekvenálásának köszönhetően nincs szükség az RNS fragmentálására a reverz transzkripciót megelőzően és csak egyetlen cDNS fragment generálódik minden transzkriptről. Így a szekvenált read-ek mennyisége pontosabb kalkulációt tesz lehetővé a transzkripteket illetően, függetlenül azok méretétől. A teljes körű differenciál génexpressziós vizsgálati megoldás magában foglalja a szekvenálási és a többlépcsős, „basic” és opcionális „advanced” adatelemzési munkafolyamatokat is. A közös fejlesztésű applikáció teljeskörűen alkalmazható a humán és minden jelenleg használt modell organizmusokból származó minták esetében. Az egyéb organizmusok esetén elengedhetetlen a jó minőségű referencia genom és a hozzá tartozó annotáció. Az „advanced” elemzés részeként a csoportok összehasonlítása mellett KEGG, GO és Reactome alapú ún. pathway elemzés is készül, amely nagyban segíti az adatok biológiai interpretációját. Az elemzés főbb lépéseinek eredményei alapján egy dinamikus HTML formátumú összefoglaló riport is készül.
A KROMAT Kft és a Magyar Genomika és Bioinformatika Központ, mint piaci és akadémiai partner példaértékű együttműködése egy újabb példa arra, hogy tud egy piacorientált és egy akadémiai intézet olyan közös fejlesztést végezni, melynek eredménye mind a cég partnerei, mind a magyar kutatótársadalom javára is szolgál.
